Da quando gli scienziati sudafricani hanno annunciato la scorsa settimana di aver identificato una nuova inquietante variante di SARS-CoV-2, il mondo ha atteso con ansia indizi su come potrebbe cambiare la traiettoria della pandemia . Ma un mistero altrettanto grande, anche se meno urgente, è dove e come si è evoluto Omicron e quali lezioni riserva la sua comparsa per evitare future varianti pericolose.

Omicron chiaramente non si è sviluppato da una delle precedenti varianti, come Alpha o Delta. Invece, sembra essersi evoluto in parallelo e nell’oscurità. Omicron è così diverso dai milioni di genomi SARS-CoV-2 che sono stati condivisi pubblicamente che è difficile individuare il suo parente più stretto, afferma Emma Hodcroft, virologa dell’Università di Berna. Probabilmente si è discostato presto da altri ceppi, dice. “Direi che risale a metà del 2020”.

Ciò solleva la questione di dove si siano nascosti i predecessori di Omicron per più di un anno. Gli scienziati vedono essenzialmente tre possibili spiegazioni: il virus potrebbe aver circolato e si è evoluto in una popolazione con poca sorveglianza e sequenziamento. Potrebbe aver avuto una gestazione in un paziente con infezione cronica da COVID-19. Oppure potrebbe essersi evoluto in una specie non umana, da cui recentemente si è riversato nelle persone.

Christian Drosten, virologo all’ospedale universitario Charité di Berlino, è favorevole alla prima possibilità. “Presumo che questo non si sia evoluto in Sud Africa, dove sono in corso molte sequenze, ma da qualche altra parte nell’Africa meridionale durante l’ondata invernale”, afferma. “C’erano molte infezioni in corso da molto tempo e affinché questo tipo di virus si evolva è davvero necessaria un’enorme pressione evolutiva”.

Ma Andrew Rambaut dell’Università di Edimburgo non riesce a capire come il virus possa essere rimasto nascosto in un gruppo di persone così a lungo. “Non sono sicuro che ci sia davvero un posto nel mondo abbastanza isolato da consentire a questo tipo di virus di trasmettersi per quel periodo di tempo senza che emerga in vari luoghi”, afferma.

Invece, Rambaut e altri propongono che il virus si sia sviluppato molto probabilmente in un paziente con infezione cronica da COVID-19, probabilmente qualcuno la cui risposta immunitaria è stata compromessa da un’altra malattia o da un farmaco. Quando Alpha è stato scoperto per la prima volta alla fine del 2020, anche quella variante sembrava aver acquisito numerose mutazioni contemporaneamente, portando i ricercatori a postulare un’infezione cronica. L’idea è rafforzata dal sequenziamento di campioni di SARS-CoV-2 da alcuni pazienti con infezione cronica .

“Penso che le prove a sostegno stiano diventando sempre più forti”, afferma Richard Lessells, ricercatore di malattie infettive presso l’Università di KwaZulu-Natal. In un caso Lessells e i suoi colleghi hanno descritto in un preprint , una giovane donna in Sud Africa con un’infezione da HIV incontrollata portava SARS-CoV-2 per più di 6 mesi. Il virus ha accumulato molti degli stessi cambiamenti osservati nelle varianti di preoccupazione, un modello osservato anche in un altro paziente la cui infezione da SARS-Cov-2 è persistita anche più a lungo.

Per evitare una possibile fonte di varianti future, Lessells afferma: “Quello che dobbiamo fare è colmare le lacune nella cascata del trattamento dell’HIV. Quindi dobbiamo far diagnosticare a tutti, dobbiamo portare tutti al trattamento e dobbiamo portare quelli che sono attualmente in trattamento inefficace a regimi di trattamento efficaci”.

Ma Drosten dice che l’esperienza con le infezioni croniche di influenza e altri virus in pazienti immunodepressi è contro questa ipotesi per Omicron. In queste persone si sviluppano varianti che sfuggono al sistema immunitario, ma sono accompagnate da una serie di altri cambiamenti che le rendono meno capaci di trasmettersi da persona a persona. “Questi virus hanno una forma fisica molto bassa nel mondo reale”. Questo perché le mutazioni che consentono a un virus di sopravvivere in un individuo nel tempo possono essere molto diverse da quelle necessarie per diffondersi al meglio da una persona all’altra.

Jessica Metcalf, una biologa evoluzionista presso l’Institute of Advanced Study di Berlino, non è così sicura che sia vero per SARS-CoV-2. “Penso che uno dei motivi per cui questo virus ha funzionato così bene è che un migliore legame con ACE2 [il suo recettore sulle cellule umane] aiuta sia la diffusione all’interno dell’ospite che la diffusione tra gli ospiti”. Tuttavia, per il momento, è d’accordo con Drosten sul fatto che molto probabilmente Omicron sia circolato e si sia evoluto in una popolazione nascosta.

Alcuni pensano che il virus potrebbe essersi nascosto nei roditori o in altri animali, piuttosto che nelle persone, e quindi ha subito diverse pressioni evolutive che hanno selezionato nuove mutazioni. “Il genoma è così strano”, afferma Kristian Andersen, ricercatore di malattie infettive presso Scripps Research, indicando il suo miscuglio di mutazioni, molte delle quali non sono state viste prima in altre varianti.

“È interessante, quanto sia follemente diverso”, afferma il biologo evoluzionista Mike Worobey dell’Università dell’Arizona, Tucson. Sebbene preferisca una persona immunodepressa come fonte di Omicron, Worobey osserva che l’80% dei cervi dalla coda bianca campionati in Iowa tra la fine di novembre 2020 e l’inizio di gennaio 2021 era portatore di SARS-CoV-2, secondo una recente prestampa. “Mi chiedo se altre specie là fuori possano essere infettate cronicamente, il che potrebbe potenzialmente fornire questo tipo di pressione selettiva nel tempo”.

È troppo presto per escludere qualsiasi teoria sull’origine di Omicron, afferma Aris Katzourakis, un biologo evoluzionista dell’Università di Oxford, ma è scettico sullo scenario animale, dato il numero di infezioni umane. “Inizierei a preoccuparmi di più dei serbatoi animali se riuscissimo a sopprimere il virus, e quindi potrei vederlo come un luogo in cui potrebbe nascondersi”.

Molti leader della salute globale hanno utilizzato l’emergere di Omicron per focalizzare l’attenzione del mondo sull’enorme divario tra le vaccinazioni COVID-19 nei paesi più ricchi e in quelli più poveri. Richard Hatchett, capo della Coalition for Epidemic Preparedness Innovations, ha aperto le sue osservazioni all’Assemblea mondiale della sanità il 29 novembre affermando che la bassa copertura vaccinale in Sudafrica e Botswana ha “fornito un ambiente fertile” per l’evoluzione della variante. “L’ingiustizia globale che ha caratterizzato la risposta globale ora è tornata a galla”, ha affermato.

Eppure ci sono poche prove a sostegno di questa affermazione, affermano alcuni scienziati. “L’idea che se avessimo vaccinato di più in Africa, non avremmo avuto questo: mi piacerebbe che fosse vero, ma non abbiamo letteralmente modo di saperlo”, dice Katzourakis. Per ora, le lezioni da trarre da Omicron rimangono sconosciute quanto la sua origine.